L’antica chiesa di S. Giacomo, che in seguito darà il nome all’abitato sorto e sviluppato intorno ad essa, ossia Chiesa (Ecclesia de Malenco), fu costruita intorno all’XI secolo dalla famiglia Capitanei di Sondrio che deteneva diritti feudali anche in Valmalenco. Essa costituì, sino a tutto il secolo XIV, l’unico edificio religioso presente in valle presso il quale si recavano, per i servizi religiosi, tutte le popolazioni malenche. Presso la chiesa, che ben presto assunse la doppia intitolazione (SS. Giacomo e Filippo) e, sovente nella piazza antistante, si congregavano i capifamiglia e i rappresentanti delle quadre (le comunità di valle) per trattare questioni di carattere civile e amministrativo. Chiesa continuò a rimanere il centro civile e religioso della valle anche dopo che, nei secoli XIV e XV, le altre comunità edificarono chiese proprie.
Accanto alla chiesa dei SS. Giacomo e Filippo risiedeva il curato il quale, sino alla metà del Cinquecento, era l’unico sacerdote di valle, sul quale gravava l’incarico di officiare presso tutte le chiese malenche. Vi sono ragioni di ritenere che la canonica di Chiesa servisse pure da residenza temporanea degli arcipreti di Sondrio i quali, in qualità di parroci anche della Valmalenco, si recavano ogni tanto in valle, ad esempio in occasione delle festività più importanti (come le feste dei santi patroni) o per amministrare i beni della chiesa. A riprova di ciò, vale la pena di sottolineare la valenza storica di una recente scoperta effettuata in occasione dell’intervento di restauro della vecchia canonica, che ha portato alla luce un notevole affresco raffigurante lo stemma della famiglia Andriani, cui appartennero due arcipreti di Sondrio tra Quattro e Cinquecento (Giacomo e Giovanni Giacomo), i quali possedevano tra l’altro numerose proprietà proprio nel villaggio di Chiesa.
Nella seconda metà del XVI secolo, la cura d’anime di Chiesa subì le complicazioni derivate dai difficili rapporti di convivenza con la comunità protestante che si era sviluppata in paese, se si considera inoltre che alla guida dei riformati vi fu inizialmente niente meno che l’ex curato cattolico, Bartolomeo Chiesa il quale, nel 1555, abiurò la fede romana per passare alla Riforma. Lo stato di crisi e di decadenza che aveva caratterizzato la vita religiosa locale, e che riguardava indistintamente tutte le comunità della valle, iniziò a registrare alcuni segnali di risanamento solo a partire dal 1590, quando alla guida della parrocchia di Sondrio (e quindi della Valmalenco) subentrò Nicolò Rusca. L’opera di riforma della chiesa cattolica secondo i principi di rinnovamento dettati dal Concilio di Trento, fu messa in atto dall’arciprete Rusca anche in Valmalenco, con l’aiuto di alcuni sacerdoti molto motivati nello zelo pastorale e teologicamente preparati. A Chiesa si susseguirono importanti figure di preti, come Giovanni Cilichini (di Lanzada), Andrea Sasso (di Chiesa), Giovanni Tuana (di Grosotto), Giovanni Pietro Carini (di Lanzada).
Dopo la triste pagina della rivoluzione valtellinese del 1620 (Sacro Macello), che cancellò la presenza protestante in Valtellina, anche Chiesa, come le altre comunità di valle, ottenne il riconoscimento dell’autonomia parrocchiale da Sondrio. La parrocchia dei SS. Giacomo e Filippo, formalmente eretta il 24 ottobre 1624, fu assunta da Giovanni Cilichini, già vicecurato dal 1619 e, successivamente, nel 1633, da Carlo Rusca (nipote dell’arciprete Nicolò Rusca).
Venute meno le difficoltà causate dalla convivenza forzata con i protestanti e rafforzata l’opera di risanamento della chiesa locale, la parrocchia di Chiesa fu caratterizzata nel corso del secolo XVII da un significativo fervore costruttivo, iniziato nel 1644 con la poderosa opera di totale rifacimento della chiesa parrocchiale. Una discreta espansione demografica nelle contrade più decentrate e l’esigenza di assicurarsi i servizi religiosi in loco, costituiscono poi le ragioni che stanno alla base della costruzione di nuove chiese: nel 1666-68 fu edificata la chiesa di S. Antonio di Padova a Vassalini, nel 1688, furono eretti il Santuario della Madonna delle Grazie di Primolo, la chiesa di S. Anna di Chiareggio e l’oratorio di S. Carlo.